La Charte de l’accompagnateur scientifique précise le partage des rôles respectifs de l’enseignant et de l’accompagnateur scientifique et leur complémentarité. L’enseignant reste le spécialiste de l’apprentissage dans la classe , il garde la maîtrise pédagogique du déroulement de la séance tandis que l’accompagnateur a un rôle de guidage de la démarche scientifique, dans le dialogue et l’interaction avec l’enseignant. Ensemble, ils identifient les enjeux et les objectifs et se mettent d’accord sur le déroulement des activités.